ヴィクトリアの現存する作品は、ほぼ全て生前に出版されています。彼のモテットの一つである四声の「アヴェ・マリア」は、一般的にヴィクトリアの作品とされています。しかし、正確な出典は不明ですが、ペドレルが1913年に初版を出版しました。
ヴィクトリアの作品には、「アヴェ・マリス・ステラ」、「ネ・ティメアス・マリア」、「サンクタ・マリア、サクッレ・ミゼリス」といった聖母マリアを題材としたモテットが数多く含まれています。これらの作品は1572年に初版が出版され、その後も再版されています。ヴィクトリアの作品には、パレストリーナの作風とは異なる独特の表現力と和声の個性が表れています。
六声のモテット「ヴィディ・スペシオサム」は、1572年から1603年にかけて複数回出版されました。これは雅歌の典礼文に基づいており、聖母被昇天と関連しています。様々な声部と明るい音色の組み合わせが、この曲を特に注目に値するものにしています。
1592年のミサ曲集『ミサ曲集…リベル・セクンドゥス』には、ヴィディ・スペシオサムに基づくミサ曲が収録されています。この曲は、インスピレーションの源となったモテットと同様に、細心の注意とホモフォニーをもって作曲されました。ヴィクトリアは、統一感のある構成を実現するために、ミサ曲の様々な部分にヴィディ・スペシオサムのモチーフやパッセージを取り入れました。
ミサ曲の演奏は、ヴィクトリアがモテット音楽を典礼の枠組みにいかに統合したかを明確に示しています。キリエ、グロリア、クレド、サンクトゥス、アニュス・デイといった様々な部分において、彼は特徴的なモチーフの変奏を用いて、モテットとミサ曲の繋がりを作り出しました。
後期ルネサンス期には、特にスペインにおいて、オルガン伴奏による演奏が一般的でした。この伝統は、ヴィクトリアの音楽が一貫性と多様性の両方を特徴としていたことを示しています。こうした作品の解釈における多様なアプローチは、音楽の真正性は様々な解釈に開かれるべきであることを示しています。