バロック中期から後期にかけて、木管楽器に根本的な変化が起こりました。リコーダーは徐々に姿を消し、一方で横笛（フルート）がますます重要になっていきました。クヴァンツといったドイツの音楽家やフランスのオッテテールは、横笛のさらなる発展に決定的な影響を与えました。バッハ、テレマン、ブラヴェ、ルクレールといった作曲家たちは、この楽器の技術的および音色的可能性を徹底的に探求しました。当時のオペラ・オーケストラでは、横笛（フルート）は着実に地位を高めていきましたが、リコーダーは主に特殊な音色のために用いられました。バッハはワイマール・カンタータではリコーダーのみを使用しましたが、ライプツィヒでは横笛（フルート）を導入しました。田園詩の象徴としてのリコーダーの使用は衰退し、1725年以降、この楽器のための新作はほとんど作曲されなくなりました。ヘンデルとバッハの作品は、リコーダー関連作品への最後の重要な貢献と考えられています。
フルートと通奏低音のためのホ短調ソナタ BWV 1034 は、バッハがライプツィヒに滞在する初期の頃に作曲されたと考えられています。イタリアの「教会のためのソナタ」の形式に基づき、技巧と音楽的表現が融合しています。イ長調ソナタ BWV 1032 は未完成のまま残されましたが、リサ・ベズノシュークなど、様々な方法で再構成・解釈されています。ロ短調ソナタは様式的にも技術的にも際立っており、最高レベルの技巧が要求されます。
バッハのフルートのための作品は、1722年から1723年頃の手稿譜として現存しています。4楽章からなる舞曲組曲は、繊細な旋律と洗練されたテクスチャに対する彼の感受性を示しています。ト長調トリオソナタ BWV 1039 は、バッハが作曲した数少ないフルート三重奏曲の一つです。フルート音楽におけるその他の重要な貢献としては、ロ短調ソナタ BWV 1030 とニ短調管弦楽組曲が挙げられます。バッハは晩年に、最後のフルートソナタであるホ長調 BWV 1035 を作曲しました。
様式的に独特なト短調ソナタ BWV 1020 は、カール・フィリップ・エマヌエル・バッハの作品とされています。ハ長調ソナタ BWV 1033 は、バッハとその息子の一人との共作と考えられています。変ホ長調ソナタ BWV 1031 の作者は不明です。