CD時代、プログラムの多くはミサ典礼文に重点が置かれることが多かったが、ニコラ・ゴンベールのモテットは特に目立った。これらの作品は彼の印象的な創作力を示し、16世紀の音楽界に深い影響を与えた。多くのモテットがゴンベールに帰属しており、クレメンス・ノン・パパやヴィラールトといった同時代の作曲家とは対照的に、彼の作曲における重要性を際立たせている。
ゴンベールの音楽では、懺悔や聖母への信仰といったテーマが中心的な役割を果たしている。「主の苦悩（Aspice Domine）」や「苦難と苦悩（Tribulatio et angustia）」といったモテットは懺悔のテーマを力強く探求し、「思い出に残る者よ、主よ（Ne reminiscaris, Domine）」といった作品は許しを請う。これらの作品はゴンベールの強烈な表現力を示している。さらに、「主の苦悩（Aspice Domine）」はローマ略奪といった政治的出来事を暗示している可能性もある。聖母マリアへの崇敬は、「Hortus conclusus es」や「Ave sanctissima Maria」といった作品に明確に表れており、彼の独特の作風を際立たせています。
ゴンベールの作品は宗教的なテーマの影響を強く受けていますが、世俗的なテーマを扱ったモテットも作曲しています。例えば、「Ergone vitae」はヨハネス・セクンドゥスの詩に基づいており、病気からの回復と病にまみれた人生への別れを歌っています。これはゴンベールの作風の多様性を特に際立たせています。